国家保密技术研究所1991年5月正式成立，经过十多年发展，逐步确立了在计算机网络保密技术、电磁泄漏发射检查与防范（TEMPEST）技术和通信保密检查技术三大主要研究领域的重要地位。于2008年7月更名为国家保密科学技术研究所。

国家保密科学技术研究所业务发展示意图